Účetní povinnosti e-shopu: přehled pro majitele 2026
Účetnictví za vás vede účetní, ale podklady vznikají v e-shopu. Přehledně shrnujeme, jaké povinnosti máte, které termíny hlídat a kde se v datech nejčastěji ztrácí peníze.
Majitelé e-shopů často říkají „účetnictví mi dělá účetní“. To je pravda jen napůl. Účetní zaúčtuje, co dostane. Jenže faktury, dobropisy, výpisy z platební brány, dobírky a výplaty z marketplace vznikají ve vašem e-shopu. Když tam nesedí data, nesedí ani účetnictví, a pokutu dostane firma, ne účetní.
Tenhle přehled je pro majitele, kteří chtějí rozumět, co po nich stát chce a kde je potřeba hlídat systém. Nenahrazuje daňového poradce. Konkrétní nastavení vždy proberte s ním, protože závisí na právní formě, obratu a zemích, kam prodáváte.
Na čem vaše povinnosti závisí
Rozsah povinností určují hlavně dvě otázky: kdo e-shop provozuje a jestli jste plátce DPH.
| Situace | Evidence | DPH | Typické povinnosti |
|---|---|---|---|
| OSVČ, neplátce DPH, paušální daň | Bez daňové evidence, stačí hlídat příjmy | Ne | Hlídat limit příjmů a obrat pro DPH |
| OSVČ, daňová evidence nebo výdajový paušál | Daňová evidence příjmů a výdajů nebo evidence příjmů | Podle obratu | Daňové přiznání, pojistné |
| OSVČ, plátce DPH | Daňová evidence | Ano | Přiznání k DPH, kontrolní hlášení, daňové doklady |
| s.r.o. | Podvojné účetnictví | Podle obratu | Účetní závěrka, přiznání k dani z příjmů, u plátce DPH měsíční kontrolní hlášení |
Paušální daň je pro začínající e-shop často nejjednodušší varianta. Podle finanční správy má pro rok 2026 tři pásma a limit příjmů 2 miliony Kč. Podmínkou je mimo jiné, že nejste plátce DPH. Jakmile e-shop roste, tahle varianta rychle končí.
Kdy se stanete plátcem DPH
Od roku 2025 se obrat sleduje za kalendářní rok, ne za posledních dvanáct měsíců. Platí dvě hranice:
- 2 000 000 Kč za kalendářní rok. Po překročení se stáváte plátcem od 1. ledna následujícího roku.
- 2 536 500 Kč v průběhu roku. Po překročení se stáváte plátcem už dnem následujícím.
Přihlášku k registraci musíte podat v krátké zákonné lhůtě. Proto je dobré mít obrat e-shopu na dashboardu a ne ho zjistit až při daňovém přiznání.
Jako plátce podáváte přiznání k DPH a kontrolní hlášení do 25. dne po skončení období. Právnické osoby podávají kontrolní hlášení vždy měsíčně, i když jsou čtvrtletními plátci. Souhrnné hlášení přibude, pokud dodáváte zboží nebo služby plátcům v jiných státech EU.
Prodej koncovým zákazníkům do zahraničí má vlastní pravidla a limit 10 000 EUR za celou EU. Podrobně je rozebíráme v článku Přeshraniční prodej: DPH a OSS režim.
Doklady z e-shopu: kde vznikají chyby
Účetní potřebuje ke každé transakci doklad a ke každému dokladu platbu. U e-shopu je toho hodně a chodí to z různých míst:
- Faktury a daňové doklady. Generuje je e-shop nebo ERP. Musí mít správné sazby DPH, číselnou řadu bez děr a správné datum uskutečnění plnění.
- Dobropisy. Každé vrácení zboží, sleva po reklamaci nebo storno potřebuje opravný doklad. Chybějící dobropisy patří k nejčastějším nesouladům mezi e-shopem a účetnictvím.
- Platební brána. Brána posílá na účet souhrnnou částku poníženou o poplatky. Bez výpisu z brány účetní nespáruje jednotlivé objednávky.
- Dobírky. Dopravce posílá hromadnou výplatu za desítky zásilek. Párování vyžaduje podklad od dopravce.
- Marketplace. Kaufland, Allegro nebo Amazon vyplácejí saldo po odečtení provizí a poplatků. Specifika popisujeme v článku o daních při prodeji na zahraničních marketplace.
Ruční přepisování tisíců objednávek do účetního programu je drahé a chybové. Rozumné řešení je napojit e-shop přímo na účetní systém, typicky Pohodu, Money S3 nebo ABRA Flexi, a párování plateb automatizovat. Jak to funguje v praxi, rozebíráme v článku napojení plateb na ERP a účetnictví.
EET 2.0 od roku 2027
Poslanecká sněmovna 9. září 2026 definitivně schválila nový zákon o evidenci tržeb. Podle dostupných informací ho čeká podpis prezidenta a vyhlášení, účinnost se předpokládá od 1. ledna 2027. Finanční správa uvádí, že první měsíc má sloužit jako pilotní provoz.
Pro čistě online e-shop je podstatné, že evidenci nepodléhají bezhotovostní platby bez fyzické přítomnosti zákazníka: převody, platby přes platební bránu nebo QR kód na webu. Nová evidence se ale týká plateb při osobním kontaktu, a to i kartou nebo QR kódem.
Co z toho plyne:
- Máte vlastní výdejní místo, showroom nebo stánek na veletrhu? Počítejte s evidencí hotovosti i karet.
- Prodáváte čistě online a necháváte dobírku vybírat dopravce? Pravděpodobně se vás EET 2.0 přímo nedotkne, ale výklad k dobírce si ověřte s poradcem, až finanční správa vydá metodiku.
- Pokladní systém a e-shop by měly sdílet sklad i doklady. Pokud to dnes neumí, je na čase to řešit před koncem roku.
Archivace dokladů
Doklady nestačí vystavit, musíte je také uchovat. Základní lhůty:
| Co | Jak dlouho | Předpis |
|---|---|---|
| Daňové doklady plátce DPH | 10 let od konce zdaňovacího období | zákon o DPH |
| Účetní doklady, knihy, záznamy | 5 let od konce účetního období | § 31 zákona o účetnictví |
| Účetní závěrka a výroční zpráva | 10 let | § 31 zákona o účetnictví |
| Daňová evidence OSVČ | Po dobu běhu lhůty pro stanovení daně | zákon o daních z příjmů |
Elektronická archivace je v pořádku, pokud je zajištěná čitelnost a nemennost záznamů. Pozor na migraci e-shopu nebo změnu účetního systému. Stará data musí zůstat dostupná i poté, co starou platformu vypnete. Export všech dokladů patří do každého migračního plánu.
Jak na to prakticky
Checklist, se kterým si můžete sednout s účetní nebo daňovým poradcem:
- Ujasněte si režim: OSVČ nebo s.r.o., paušál, daňová evidence nebo účetnictví.
- Nastavte měsíční přehled obratu za kalendářní rok a upozornění před hranicí 2 000 000 Kč.
- Ověřte, že e-shop vystavuje doklady se správnými sazbami DPH a číselnými řadami.
- Zkontrolujte, že každé vrácení a storno má dobropis.
- Dohodněte, v jakém formátu a jak často posíláte účetní data: faktury, výpisy z brány, dobírky, marketplace.
- Automatizujte export do účetního systému místo ručního přepisování.
- Sledujte zahraniční B2C prodeje proti limitu 10 000 EUR.
- Pokud máte fyzický prodej, připravte pokladnu na EET 2.0.
- Nastavte zálohu a archivaci dokladů nezávislou na platformě e-shopu.
Když chcete, aby data z e-shopu tekla do účetnictví bez ručního přepisování, podívejte se na naše napojení na ERP a účetní systémy nebo integrace na míru. Daňové otázky pak řešte s daňovým poradcem, my zajistíme, aby měl čistá data.
Potřebujete s tím pomoct?